本发明提供一种自动化加工系统，包括控制装置、机架、机械手、物料架、加工设备及夹具更换工位，控制装置内设有与样品相对应的夹具的样品信息，机械手上设有视觉装置，机械手及视觉装置与控制装置电连接，机械手、物料架及加工设备安装于机架上，物料架上设有放置样品的仓位，仓位上设有样品信息显示屏，控制装置控制机械手移动至夹具更换工位，并依据样品信息更换对应的夹具，机械手可通过视觉装置扫描样品信息显示屏上的样品信息，以确定并夹持对应的样品至加工设备中加工。本发明通过视觉装置实现视觉引导及样品检测，简化加工步骤并提高精度，提高生产效率。另，本发明还提供一种自动化加工方法。