本发明涉及改性聚酯树脂技术领域，具体涉及一种多含氧官能团聚酯树脂、其制备方法及应用。该多含氧官能团聚酯树脂的制备方法，包括如下步骤：(R1)、将聚酯树脂置于PECVD反应腔体的下风口，对PECVD反应腔体抽真空后持续通入氧气，控制PECVD反应腔体气压在4‑10Pa；(R2)、在激发源的作用下将氧气激发成等离子体并与聚酯树脂反应，得到多含氧官能团聚酯树脂。多含氧官能团聚酯树脂的制备方法，该制备方法利用等离子体增强化学气相沉积法(PECVD)将氧气激发层等离子体后与聚酯树脂反应，使聚酯树脂增多了活性含氧官能团；该制备方法操作简单，控制方便，生产效率高，生产成本低，可用于大规模生产。