本发明涉及光伏微网控制技术领域，具体公开了一种光伏微网系统的实时协调控制方法，包括中央实时优化控制层和本地控制层；中央实时优化控制层，实时采集光伏微网系统交流母线电压、频率、蓄电池组荷电状态、光伏发  电微源输出功率、蓄电池组输出功率、超级电容输出功率以及负荷的实时功率，并制定实时协调控制策略及二次调频调度计划并下发给各本地控制器；本地控制层实时协调控制各微源，具体实现中央实时优化控制层下发的调度计划；本发明中微网中央优化控制器对各本地控制器的统一管理、协调控制，让微网高效经济运行，最大效率的利用光伏发电单元输出功率，抑制其输出功率波动及跟踪负载变化，合理调节微网运行方式，实现能量平衡。