一种微电网电能质量控制系统，包括：非线性负载；配电网网关，配电网网关与非线性负载连接；若干电能质量控制装置，若干电能质量控制装置设置在非线性负载与配电网网关之间，若干电能质量控制装置并联设置，若干电能质量控制装置之间通讯连接；电流传感器，电流传感器分别与每一电能质量控制装置连接，电流传感器设置在非线性负载与配电网网关之间。上述微电网电能质量控制系统，达到了补偿谐波的原始目标，减少了微网谐波对周边通信系统和配电网的影响，而且保证了谐波补偿的动态实时性，响应速度快、可靠性高、补偿效果好，同时也解决了有源电力滤波器自身容量限制的问题，便于微网的随时缩减及扩建。