本发明涉及一种EPS供电系统及其电池反接及短接保护电路和保护方法，该保护电路包括反接告警电路、短接保护电路以及延时电路；反接告警电路包括第一二极管D1、第二稳压二极管ZD2以及报警器，D1的正端与电池负极连接，负端与ZD2的负端连接，ZD2的正端与报警器正端连接；短接保护电路包括第六电阻R6与第四二极管D4，R6一端与电池的负极连接，另一端与D4的负端连接，D4的正端连接逆变器以及OUT端。本发明可快速的检测直流输入电池是否反接或短接，提醒设备安装人员并保护电池和逆变器不受损坏；系统正常运行后，当直流输入端短路时，不会因为后端短路影响系统正常运行。