本发明涉及UPS系统控制技术领域，具体公开了一种UPS三相输入均流控制器以及UPS的均流控制方法，控制器包括：输入电压判断器，用于对UPS的输入电压进行实时检测、判断，并选择控制器合适的给定电压；调节器，用于调节升压变换器的输出电压；以及PWM发生器，用于将调节器的输出电压转换为PWM信号。控制器对输入电压和直流母线电压值进行实时检测，当检测到任一相输入电压超过一定范围时，控制器增大升压变换器的输出给定值，使输入电压峰值在升压变换器的输出电压范围之内。本发明通过判断输入电压的幅值来相应的提升母线电压使三相输入均流，避免由于输入不均流导致UPS损坏。