本发明涉及微电网技术领域，具体涉及一种分层分布式微电网储能电池配置方法，其包括：下层低压母线蓄电池配置；按照微电网中蓄电池的功能进行配置，容量配置包括平抑中低频功率波动、削峰填谷、为微电网系统孤岛运行提供电压支撑；下层低压母线超级电容配置；按照微电网中超级电容的功能，容量配置主要为平抑本地高频负荷波动；上层高压母线蓄电池配置；按照微电网中蓄电池的功能，容量配置包括平抑母线功率波动，维持系统孤岛运行，并在PCC点处对整个微电网提供功率因素补偿。本发明通过精确的配置计算方法，实现了微电网内部并网运行于功率因素为一，在充分利用清洁能源条件下有效平抑了微电网与大电网功率波动；有效实现了系统电压频率的稳定及重要负荷的持续运行。